在通行版的《红楼梦》中，妙玉是被强盗劫去，最后下落不明。但是在吴氏《石头记》中，妙玉有另外一个结局。妙玉的这个结局也符合红楼判词以及红楼梦曲的暗示。
妙玉在红楼里的判词是 欲洁何曾洁，云空意未空，可怜金玉质，终陷污泥中。画的图画是一块美玉落在一滩污泥里。红楼梦曲中有几句唱的是：到头来，依旧是风尘肮脏违心愿，又何须，王孙公子叹无缘。
首先，在《红楼梦》中，妙玉的身世也是一个谜，《红楼梦》中通篇都没有对妙玉的身世有过任何深入的讲述。只是在贾妃省亲前，从林之孝家的的口中，对妙玉的身世有过一点点透露。我根据《红楼梦》的前80回以及妙玉的结局脑补了一下妙玉的身世应该是这样的：
妙玉应该是贾母的故人之后，妙玉的祖母或是外祖母应该是贾母少年时的好友。当时的史家还没有迁入京城，还住在金陵。所以金陵一直都有史家王家贾家的老宅。每年都派人看守着。当时贾政打了贾宝玉的时候，贾母就和贾政说：我知道你是嫌弃我们娘俩了，你别急，我就随你的太太我们回金陵去。当时这两个妙龄少女还未出嫁，待字闺中，她们就已经是无话不谈的好友了。所以妙玉的祖母或是外祖母就深知当时的史家大小姐的生活，饮食脾性。后来双方各自嫁得如意郎君，再加上史家迁入京城。这对少年时的好友便再难见面了。但是妙玉的祖母或是外祖母却常对年幼的妙玉说起她少年时这位好友的生活脾气秉性。所以在贾母领着刘姥姥第一次到栊翠庵的时候，妙玉知道贾母不喝六安茶，于是给她上的是老君眉。史家当时是被封为保龄侯，由此判断，妙玉的家世也应该是侯爵或是伯爵一类的。
只不过后来由于某种原因，妙玉家落败了，妙玉也因为各种原因，不得不出家带发修行。在她随师傅云游到京城的时候，得知先祖的故人也在此居住，而且这位先祖故人家世显赫，富贵无双。妙玉也曾想去拜访这位先祖故人，但又担心别人说自己攀图富贵。我估计妙玉是递了什么信物到贾母跟前。贾母认出这是故人之后，便想为她提供庇护。林之孝家的作为贾府大管家，察言观色的本事自然一流。觉察出贾母的意思，便到王夫人跟前去讨主意，好话说了一大堆，王夫人最后下帖子去请妙玉，其实都是给贾母面子。后来妙玉就常驻栊翠庵。贾府还供给一应生活所需，妙玉在此一住就是数年。
其实，妙玉对宝玉也有那一层朦朦胧胧的意思。但是妙玉一直在逃避自己的这份感情。后来贾府落败之际，那时贾母，王夫人，王熙凤等都已经过世，贾政便张罗着给宝玉娶亲，贾政和宝玉说，你年纪不小了，该成亲了。我把妙玉娶回来给你做妻子，但是宝玉说，不行，我不能辜负林妹妹。贾政又告诉他，两个都给你娶回来，一个作为正妻，一个作为副妻。宝玉一听，两个都不用辜负自然非常高兴，他便当天夜里就写书信一封，送给妙玉，在信中他把自己想求娶妙玉的这个事情说了。 结果妙玉惊慌失措，她试图逃避这份感情，妙玉便连夜收拾东西离开京城。后来贾府得到消息，说是妙玉已经离开，不知所踪，那么求娶妙玉之事只能作罢，只能让宝玉和黛玉成亲了。
在妙玉离开京城南下的过程中，妙玉又遇到了另外一个人，江南富家公子陈也俊。陈也俊初见妙玉，便被妙玉的气质容颜迷得神魂颠倒，立志非妙玉不娶，谁知妙玉又再次固执地逃避了。当时正逢乱世，朝廷风雨飘摇，盗贼流寇蜂拥而起，妙玉南下到瓜州渡口的时候，被当地的一个丑陋的老和尚看中，这个老和尚顿时淫心大发，当天夜里就带领人用迷香把妙玉劫持了来。这个老和尚是在寺庙里开妓院的，常常用下做手段逼迫一些女孩子在寺庙里接客，最近他正愁寺庙里的女孩子已经被客人玩腻了，客人都不想来了，偏偏此时遇到了妙玉。他自己首先把妙玉霸占了。随后强迫妙玉并连同服侍妙玉的几个姑子在寺庙里一起接客。此时，妙玉就每天过着供各种香客、施主肆意玩乐的悲惨日子，寻死都死不了！这种日子过多了，妙玉也就不在乎了，逐渐放浪形骸。老和尚死了之后，她还自己出去招揽客人。后来妙玉人老珠黄，再也没有客人上门了。自己也在庙里孤独终老。后来她回想起早年与宝玉还有陈也俊的这些奇缘，也只能暗自感叹！
