四阿哥弘历登基，后宫权势大变。原本在青樱位分之下的高曦月被封为慧贵妃，而青樱只是被封为娴妃，且住到了偏远的延禧宫。乌拉那拉氏的身份曾经为侧福晋青樱带来无上的荣耀与地位，如今因为景仁宫姑姑废后的原委却让她如芒在背。当日在潜邸时的尊贵、恩宠早已是过眼云烟，种种疑问、委屈只有埋葬在无尽的深宫时光里。
探望过暮年的姑姑之后，为防东窗事发，青樱主动向太后求了新的名字“如懿”，寓意“美好安静”，这才让如懿在宫里的日子稍微好一些。然而，事情并非如她所想的那样，妃嫔们接二连三的滑胎，玫嫔甚至生下一个不男不女的畸形孩子，怡贵人所住的景阳宫突然出现蛇袭击，后转住到娴妃的延禧宫。原来这只是一场阴谋，娴妃的丫头阿箬被慧贵妃和皇后收买，串通外人陷害如懿。龙颜大怒，把如懿打入冷宫。
在冷宫里，如懿只有一个丫头惢心相伴，好在如懿曾经帮助的海贵人珂里叶特氏经常来探望。冷宫的日子里，如懿的身体日渐变差，好在惢心的老乡是个太医，可以延缓如懿的病症。冷宫里也并非是安全的，先是有人恶意放火，后有人在菜里下毒，逢凶化吉的如懿苦苦撑着。
太后前来冷宫，为报复太后日夜期盼的吉太嫔突然行刺，如懿救下了太后，从而获得了走出冷宫的希望，于是如懿决定反击。如懿和海兰两人联手，缝制了装有花絮的棉衣，结果二阿哥呼吸不畅致死。而后，如懿服毒，引起皇帝的关注，最终顺利地离开了冷宫。
入住翊坤宫之后，如懿决定要铲除一切曾经对付过她的仇人。皇后因为丧子之疼，日益衰弱，难以打理六宫。如懿使用计谋让当日怡嫔滑胎之事告白于天下。慎嫔是主犯，因而遭受到猫刑而惨死。海贵人生下一子，但因遭人算计无法侍寝，彻底失宠，如懿痛心疾首。
慧贵妃身子也逐渐变差，原是其被皇后算计而不能生育，在死前，如懿告诉其真相，慧贵妃含恨而终，被封为皇贵妃。皇后再添一子，但不久亦夭折，皇后几欲崩溃，后不幸坠入水中，幸得侍卫凌云彻救助，但大势已去，最终逝去。
皇帝再次南巡时，召集一群以歌妓水沐萍为首的风尘女子在西湖上夜夜笙歌。魏嬿婉不怀好意告知如懿，皇帝召幸风尘女子的消息，使如懿怒登御舟。如懿因为劝阻乾隆不成，一怒剪发，从此二人也就彻底决裂。被乾隆先行送回京师，并裁剪宫人吃穿用度，翊坤宫形同冷宫。因断发忤逆，皇帝夺其皇后、皇贵妃、贵妃、妃四份册宝，圈禁。形同废后。幽禁翊坤宫不久患上痨症，命不久矣。
永琪凸显才华能力，封为荣亲王，魏嬿婉为防止如懿东山再起，授意胡氏暗害永琪，使永琪得上附骨疽之证。永琪临终之前，向如懿坦白一切，却被赶来的皇帝听见，加之胡氏进见谗言，误会如懿因为凌云彻一事疏远永琪，使得永琪避嫌不用如懿的太医，最终病入膏肓。
如懿久病缠身，终拔刀自尽，容佩殉主而亡，以皇贵妃之礼入葬妃陵。丧仪由愉妃、颖妃打理，同时晋容嫔（寒香见）为妃，与愉妃一起抚育永璂。魏嬿婉因如懿死前故作炫耀，被如懿以自尽方式陷害，被颖妃和七公主撞见，从而被皇帝怀疑。如懿死后，海兰与颖妃等蒙古嫔妃结盟。
《如懿传》大结局最后，皇帝在如懿死后的十年一直缅怀如懿。《后宫如懿传》中女主角如懿可以说是史上最惨、最可怜的人设了，不仅仅被心爱的男人厌恶、虐惨，在病中惨死的如懿只有十二阿哥一个牵挂，但结果还是——如懿的孩子都死了，令人感叹不已。
乌拉那拉如懿原名青樱，与弘历二字相对，有“青樱红荔”之美意。然而青樱盛放，红荔未见;红荔将熟，青樱已落。二人的青梅竹马之情终在婚姻围城中分崩离析。因为自己的表姑母的身份而受牵连，处处遭人嘲弄，却只能忍气吞声。昔日的熹贵妃钮祜禄氏，当今的太后娘娘，顾及青樱的为难之处，特赐名“如懿”。 懿德的懿，意为美好安静。《后汉书》说‘林虑懿德，非礼不处’。
人在影成双，便是最美好如意之事。这世间，一动不如一静，也只有静，才会好。如懿，则意为世间完满的美好太难得，所以太后为青樱取名为如懿。 此名太后是为告诫如懿完满难求，有时候退而求其次便是满足。然而最后竟是一语成谶，如懿如懿，一生未能如意。
