这部片故事开场没有太多悬念，先是衔接上一集在天台爆炸殉职的林家栋的葬礼，而后就在现任处长郭富城离开的车队上面，接续到上一集结局那个声音以家人性命威胁的桥段，同时点出郭富城的太太已经被绑架的事实与彭于晏背后的势力要求郭富城放人的状况。
警局中，郭富城文威武吓的要求彭于晏供出黑手却只换来一通绑匪威胁电话联络方式，而申请退休的副处长梁家辉在正式退休之前也以协助身份参与这次人质解救行动，并利用机会设法与彭于晏以父子身份期待事情有转圜的余地。最后在人质可能遭到枪击伤害的前提之下，郭富城以自己负下所有政治责任的前提决定交换人质。
在亲自押送人质的过程，因为警方支援组曝光导致人质被枪伤；加上彭于晏蓄意透露郭富城在第一集失踪的五千万实际上是用来提供郭富城上任处长后的人事布局资料之交换贿款，使得警方军心大乱，惟现场代班指挥仍设法以这是彭于晏一行人扰乱视听之词稳定军心，却反而让梁家辉隐约感受到事态不对劲。
之后彭于晏在杨佑宁的协助之下，以炸弹在地铁引发混乱逃离，侥幸逃过的郭富城也在警队同仁的协助下救回人质的太太，在面对外界压力之下，郭富城有感风暴将至而要求家人暂时避走海外却被妻子婉拒。
故事另一方面，司法高层李子雄会见立法会重量级议员周润发，在朋友以及利益立场的要求下，周润发决定同意联署参与对于寒战行动执行上以及彭于晏逃脱的质询，一方面是基于人情压力，同时也是想明白事件本身的权力斗争层级究竟到怎样的程度。
在与郭富城以同袍身份要求在日后行动对彭于晏手下留情后，本来是在休假中的梁家辉却碰上彭于晏以及前警务处长的拜访，并因此得知寒战行动的案子其实是警界退休高层为了权力核心运作人事布局而安排的一场戏，却因为过于坚守法令规范的郭富城介入，导致原本应该让梁家辉接任处长的布局遭到上一集以刘德华为首的新世代体系干涉。了解真相的梁家辉本来仍是坚持抗拒接手权力黑手势力的安排，却也发现自己只是整个权力高层的一颗棋子。
在立法会上，周润发以指挥中心旁观者身份找来梁家辉针对寒战行动以及后续人质脱逃事件进行质询说明，本来应该是按照剧本进行的一场政治秀，却因为梁家辉透露了彭于晏所指出郭富城侵吞消失的五千万一事，导致整场公开质询产生激烈变数。
质询之后，周润发与郭富城均推测出梁家辉背后有势力介入，也都各自成立团队跟踪梁家辉，周润发的律师徒弟团与郭富城委托廉政公署借将的跨部会团队，但都遭到梁家辉识破。而甩开众跟踪的梁家辉也在前处长的引荐之下，得知寒战行动的案子是政治界与现职警务高层为了布局己方人马而安排的计划，同时身为本集实际得益者的李子雄就是整起事件的黑手，前处长只是牵线的白手套。
郭富城有感腹背受敌，索性在立法会的质询与周润发冲突，并表明自己的作风虽然不被大家理解认同，但他自己绝对是以法治精神的前提去面对任何权力黑手的挑战，这也使得周润发对于郭富城颇为有所认同。
梁家辉在前处长的带路下，正式确定现职警员牵涉到寒战行动的规模范围广大，也得知道执行人员都是自己过去从事卧底行动的手下，梁家辉最终只能被动接受幕后黑手势力的布局。
之后周润发的徒弟在跟踪梁家辉的过程发现到彭于晏的行踪，转而跟踪彭于晏车队的时候遭到杨佑宁一行卧底干员的攻击，而透过自己成立的情报体系得知状况的郭富城在赶往事故现场后与彭于晏以及杨佑宁一行人爆发枪战，事后前处长戴着重伤的杨佑宁逃离，而彭于晏则被郭富城枪伤致命危，同时周润发的养女徒弟则死于现场。
在医院中，梁家辉无法谅解郭富城墨守法规的固执以及自己儿子被枪伤致命危，更在现场对郭富城拔枪相向点名两人水火不容，却被周润发到场制止并斥责两人都不适任警界高层职务。
怒火中的梁家辉决定接受高层黑手的布局，从而找上同为高层的旧部属以警局内部委员会的名义罢免郭富城，得知委员会用意的杨采妮意图挽回局势，却反而被郭富城劝阻，只为了避免杨采妮日后遭到警界排挤。
经历养女死亡的周润发并未因此遭受打击，反而掌握到养女死去前所取得的证物，并将此证物提供给郭富城，希望郭富城在离开警务处长前能把整个权力黑手掀出来。郭富城在掌握事证后，利用委员会的罢免联署者，透过透露假讯息，反而找到失踪的冲锋车以及寒战行动的余党。
在最后的人事交接会议上，郭富城最后一次以处长身份指定梁家辉进行围捕寒战行动一案的余党，得知事态严重的梁家辉透过亲信连络前处长，要求自己的旧部属迅速逃离，但却为时已晚，在一轮枪战追逐后，双方死伤惨重，存活的杨佑宁为了避免梁家辉被识破，更蓄意诱使狙击手枪杀自己而死在梁家辉面前。
而警局内郭富城更是把联署罢免委员会的其中一位高层识破为黑手的同党，并且在足够的证据之下逮捕了原定要代理处长的高层警官。最后郭富城带领警队前往机场拦截初次见面的前处长，在证据以及几番言语数落之后，考虑到保安局以及现任特首的政治压力，郭富城以绝对的授权权力驱逐前处长并对于前处长背后的黑手势力下达宣战言论。
而全身而退的梁家辉则是守在医院中命悬一线的彭于晏身边，表情尽显愤怒。
作为一部续集片，在剧情上面其实没有多少突破的前提之下，故事只能转向更进阶的阴谋，从单纯内斗转向实质上的政治角力。也因此李子雄的司法局长对于第一集刘德华的保安局长之斗争，才是这两集故事真正在台面上所无法看见的真相。
然而尽管故事已经对于诸多第一集的疑点有所交代，但是仍有未能完善说明的剧情，像是消失的五千万是否真的是被郭富城侵吞，以及第一集银行经理与钱嘉乐之间究竟发生什么对话导致五千万以其他方式运送；整起权力斗争背后的支持者除了当前政界掌权派与商界人士，是否牵扯到其他势力，甚至是前处长为何在确定冲锋车事件警方采用寒战做为行动代号就开始布局一系列的权力斗争准备行动；以及银行经理究竟是谁杀的（在第二集的剧情之后，原本第一集定调的黑手替死鬼，其实也延伸出真的是郭富城授意的可能性）。
